エボラウイルスに感染し、症状が出ている患者の体液等（血液、分泌物、吐物・排泄物）や患者の体液等に汚染された物質（注射針など）に十分な防護なしに触れた際、ウイルスが傷口や粘膜から侵入することで感染します。
一般的に、症状のない患者からは感染しません。空気感染もしません。
また、流行地では、エボラウイルスに感染した野生動物（オオコウモリ（果実を餌とする大型のコウモリ）、サル、アンテロープ（ウシ科の動物）等）の死体やその生肉（ブッシュミート）に直接触れた人がエボラウイルスに感染することで、自然界から人間社会にエボラウイルスが持ち込まれていると考えられています。
エボラ出血熱は、咳やくしゃみを介してヒトからヒトに感染するインフルエンザ等の疾患とは異なり、簡単にヒトからヒトに伝播する病気ではありません。病気に関する知識を持ち、しっかりした対策を行うことで感染を防ぐことができます。